La metodología utilizada en la extracción y cuantificación de hidrocarburos, varían dependiendo de la matriz donde son extraídos. Las principales matrices estudiadas son: los sedimentos, agua y organismos.

Hidrocarburos desde Agua de Mar

Muestreo, Almacenamiento y Conservación de Muestras:

La recolección de muestras de la microcapa de la superficie del mar puede ser realizada desde un barco. El método utilizado usualmente es la técnica de pantalla de acero descrita por Garett en 1965.

Las muestras son colectadas generalmente con muestreadores, usando medios hidrográficos convencionales libre de contaminación por hidrocarburos. Diferentes tipos de botellas se han empleado, pero se recomienda trabajar con botellas de vidrio ya que estas son fáciles de limpiar. Antes de ser usado, el material debe ser limpiado con alternados enjuagues de metanol y agua destilada.

Si la muestra no es extraída inmediatamente, se debe añadir un preservativo mineral u orgánico, para prevenir proliferaciones bacterianas o algales. Las botellas deben ser refrigeradas y almacenadas en la oscuridad.

Una nueva y prometedora técnica de muestreo esta descrita por Ehrhardt (1976) y Dawson et al. (1976), donde las muestras son extraídas in situ sin contaminación o pérdida, usando una columna de vidrio rellena con un sustrato no específico.