División de algas compuesta por 120 especies que se distribuyen en 12 géneros. Habitan en la misma proporción en el mar que en las aguas dulces.

Comprenden flageladas del nivel de organización monadal con unas pocas excepciones. Las células asimétricas flageladas de las mayorías de las especies no poseen pared celular sino solo una película.

Del extremo anterior arrancan dos flagelos de distintas longitudes, los dos presentan bárbulas. Presentan cloroplastos de diversos colores (azules, verdes azulados, rojizos) contienen clorofila a y c.

Como pigmentos accesorios: alfa y beta carotenos y la xantofila diatoxantina así como ficobilinas ficoeritrina y ficocianina, estos pigmentos no se almacenan en ficobilisomas.

La principal sustancia de reserva es el almidón que se almacena en pirenoides en el exterior de la membrana del cloroplasto.

La reproducción asexual se produce por división longitudinal. La reproducción sexual se desconoce.

Posee una única clase: Cryptophyceae dentro de esta clase se encuentra el Orden Cryptomonadales con numerosas especies.