Algas procarióticas y eucarióticas se encuentran en casi todos los biotopos, pero la mayoría de las especies están ligadas a la vida acuática ya flotando como parte del plancton, ya fijas a las rocas a la arena formando parte del bentos.

El plancton vegetal del mar está formado en primer lugar por Diatomeas y Dinofíceas así como por diminutas Haptofíceas y Crisofíceas. La flotación de los plánctones seria únicamente un descenso más o menos lento si no fuese regulado por una serie de factores como el movimiento activo de los flagelos, esto explica muchas características de las algas planctónicas como la presencia de aceites como sustancias de reserva , constitución de apéndices y las paredes celulares prominentes. Los esqueletos minerales de las algas planctónicas se sedimentan en el fondo del mar.

El bentos vegetal consta además de las Fanerógamas, de algas sobre todo de Feofíceas y Rodofíceas, la mayoría están sujetos al sustrato sólido por medio de discos adhesivos. Se encuentran algas bentonitas desde la zona de salpicadura de las costas hasta las profundidades en que se realiza la fotosíntesis. Entre el mar y el agua dulce: aguas salobres posee una flora específica de algas del plancton y del bentos.

En el agua dulce la composición específica del plancton vegetal depende en gran medida de la cantidad de nutrientes, en los climas templados las diferencias de temperatura, de radiación, de pH, determinan la composición del plancton.

Aguas frías de fusión de los glaciares: Clamidomonas y en aguas templadas hasta diatomeas y Cianofíceas procarióticas.

En el bentos de agua dulce predominan las Fanerógamas. Pertenecen al neuston (organismos en la superficie del agua) algas unicelulares como Euglena.

Solo unas pocas aéreas viven fuera del agua, sobre todo en el lado sombrío de las rocas y de los troncos de los árboles. Las rocas calizas adecuadas muchas veces contienen algas de la superficie: las algas del suelo están muy difundidas.

Distintas algas desempeñan un importante papel como simbiontes. También tienen a veces importancia como formadores de rocas.