El océano es el mayor receptor de contaminantes emitidos por el hombre. Los principales problemas de contaminación marina tienen lugar en los estuarios y zonas cercanas a desembocaduras de ríos. Otra vía de incorporación es a través de la atmósfera. También los vertidos directos de los barcos ya sean accidentales o intencionados. También la explotación de recursos marinos, especialmente en el fondo marino.

El área más contaminada es la costa, desde que la acción humana es más intensa. Es aquí también donde existe una mayor actividad biológica.

Buena parte de la contaminación se encuentra en la capa superficial del océano creando una capa superficial de compuestos hidrófobos. En esta zona se acumulan metales pesados debido a su capacidad penetrante sobre todos los orgánulos que están en disolución.

Entre los compuestos hidrofóbicos tóxicos destacamos el DDT y los PCB’s e hidrocarburos poliaromáticos.

Un contaminante que esta en las aguas del mar es el ion tributirato (TBT). Este tiene notable persistencia en el medio marino, y es letal para algunas especies, incluso a bajas concentraciones.