Las reservas tienen un ámbito espacial delimitado por la norma de declaración, este espacio se divide a veces en zonas con un nivel de protección diferente:

• Zona de Reserva Integral, en la que no se puede realizar ninguna actividad más que las científicas autorizadas.

• Áreas de Amortiguación de la Zona Integral, en donde sólo se permite el buceo con autorización previa, así como la pesca en ciertos casos.

• Área de Uso Múltiple o de Libre Acceso al Público, permitiéndose el buceo con autorización, la pesca deportiva y, en su caso, la pesca profesional artesanal, estas últimas siempre controladas.

Por lo general, las reservas tienen encomendada su gestión a la Administración del Estado, comunidad autónoma, o ayuntamiento local, y lleva a efecto la gestión de los diferentes aspectos y objetivos de la reserva. Para la protección y conservación de recursos vivos se contrata a un Servicio de Guardería Jurado Marítimo que colabora con la Administración en las labores de vigilancia y mantenimiento de la reserva.