Este hecho explica también el color azul intenso de los mares tropicales, como el que se presenta en el Mar Caribe frente a las costas de Quintana Roo o de Cuba, y no es más que una clara manifestación de la falta de vida planctónica y de materia orgánica en general. Se puede señalar que la productividad primaria de las regiones oceánicas templada y polar es del doble o más que la producción que se presenta en los mares tropicales, casi siempre pobres en nutrientes.

La profundidad del mar en donde la cantidad de luz que penetra permite establecer un equilibrio entre la producción de materia orgánica por fotosíntesis y la pérdida de sustancia por la respiración, se denomina profundidad de compensación y su situación depende de la transparencia del agua, la altura del Sol y el estado del cielo, entre otros factores, así como de las características biológicas de los organismos. Generalmente para el fitoplancton se encuentra entre 10 y 45 metros de profundidad.

La penetración de los rayos luminosos en el agua del mar ha permitido a los científicos dividir al océano en tres zonas verticales: eufótica, disfótica y afótica. La zona eufótica, bien iluminada, es donde la cantidad de luz que penetra al agua es suficiente para que se realice la fotosíntesis. En pleno océano esta zona se encuentra desde la superficie hasta 100 metros de profundidad. Cerca del litoral o en los estuarios, lugares donde desembocan los ríos, la luz sólo puede penetrar unos cuantos metros, ya que las aguas que traen estos ríos vienen cargadas de materiales en suspensión como tierra, arena, etcétera, que dificultan la penetración de los rayos. Además, por la acción del oleaje, las corrientes y las mareas, el agua se encuentra agitada y revuelta. Sin embargo, en esta zona se localiza casi la totalidad del fitoplancton por la abundancia de nutrientes.