Sin embargo, el zooplancton siempre es más abundante en los mares fríos, considerándose que su cantidad es mayor en los cercanos a los polos que la que existe en las regiones tropicales. Esto se atribuye, en parte, a la disponibilidad de nutrientes en las aguas frías.

La temperatura cambia en las diferentes masas de agua que se encuentran en los océanos y esto hace que el zooplancton presente una variación especial, debido a que las características fisiológicas de algunos organismos no les permiten vivir en aguas con condiciones distintas a las que están adaptados.

Esto se puede observar en los organismos que se localizan en las aguas calientes y saladas de la Corriente del Golfo y en el agua fría y menos salada de la del Labrador, en donde a una distancia de unos cuantos kilómetros se presenta una diferencia de temperatura de 11º C, lo que significa una barrera para que las especies del zooplancton puedan realizar migraciones cruzadas en esta área.

En algunas especies de zooplancton las características fisiológicas están adaptadas para permitir cambios según los manifieste el ambiente, pudiéndose presentar migraciones verticales de varios cientos de metros y horizontales de cientos de kilómetros.

Para otras, las condiciones de funcionamiento son estrictas, es decir, no soportan cambios, por lo que su distribución está restringida a una zona limitada; por ello con una especie dada del zooplancton se pueden predecir las condiciones del agua donde fue colectada, llamándosele "especie indicadora"; por ejemplo, algunas especies de quetognatos o gusanos saeta son indicadoras del desplazamiento de masas de aguas frías.