La muestra se toma con una botella de tipo oceanográfico en la profundidad deseada, después se coloca en un vaso de precipitados, se le agrega un líquido fijador, por ejemplo formol o soluciones a base de iodo, y se centrifuga concentrando a los organismos para las observaciones posteriores. Estas botellas generalmente tienen un litro de capacidad, aunque han sido utilizadas por los biólogos otras mayores.

Otros métodos para capturar plancton son: las redes, los tomamuestras y las bombas de agua. En la captura con red, el plancton es sacado por filtración separándolo del agua donde vive; en los otros dos métodos se obtiene junto con el agua que actúa de sustrato, con la ventaja de que se puede establecer directamente la relación entre la cantidad de plancton y el volumen de agua.

La red funciona como filtro y suele hacerse de gasas de seda, perlón y nailon de cedazo, cuyas hebras se mantienen firmes, retorciéndolas. Actualmente sólo se utiliza el nailon o el perlón; la seda ha sido desechada porque los hilos se hinchan en el agua con el tiempo, haciéndose más pequeño el ancho de la malla, lo que no ocurre con los tejidos artificiales.

Las redes presentan diferentes clases de finura, que se registran con base en el diámetro de los poros o por el número de mallas por centímetro cuadrado. La dimensión de las mallas de las redes utilizadas varía según el plancton que se desea recoger.

Para este registro ha sido adoptada una escala estándar internacional que comprende 29 dimensiones diferentes, las que van desde el número 0000, que corresponde a un diámetro de 1.3 milímetros, hasta la número 25, o sea la que presenta un diámetro de milésimas de milímetro.