El recuento del plancton se puede llevar a cabo con perfección con un microscopio fotónico común, ya que la muestra se cuenta en las llamadas cámaras tubulares al sedimentarse en el fondo del cristal después de un tiempo determinado; trabajando con este microscopio se tendrían que sumergir los objetivos de mayor aumento en el agua, produciéndose imágenes con poca claridad. Para evitar esto se emplea el microscopio invertido de Utermohl, inventado por éste en 1928, en el cual los objetivos están dirigidos desde abajo al fondo de la cámara de recuento; así se observan los organismos planctónicos sedimentados sin dificultades, incluso con el objetivo más potente, llamado de inmersión.

También es importante conocer el volumen y peso del plancton los cuales proporcionan información aproximada de la cantidad total de plancton presente, aunque no permiten determinar la composición y las proporciones de los diferentes tipos de organismos que lo forman.

El conocimiento de su volumen permite estimar la abundancia de plancton en un área determinada. Para hacerlo se coloca la muestra en una probeta graduada y se deja sedimentar durante 24 horas, midiendo la cantidad de sedimento en el fondo de la probeta; los valores que se obtienen son aproximados y limitados.

La medición del peso se puede hacer de dos formas: midiendo el peso húmedo (también llamado biomasa), para lo cual se tiene que separar el agua de los organismos filtrando la muestra por gravedad o al vacío, pesando los residuos sólidos; los resultados dependen del tipo de organismos que predominan tomando precauciones en su interpretación. La otra forma es medir el peso seco, para lo cual después de filtrar y de lavar rápido en agua destilada con el fin de quitar los cristales de sal que pueden alterar la muestra, se coloca en un secador o en un horno para eliminar el exceso de agua y el residuo es el que se pesa; estos resultados pueden indicar con mayor exactitud la cantidad real de materia orgánica.