Lo más recomendable es que la fijación se realice inmediatamente después de que la muestra subió a bordo, porque los organismos se deterioran fácilmente, sobre todo en climas cálidos. Todas las muestras tienen que ser etiquetadas, con el mayor número de datos de la colecta, ya que esta información va a ser necesaria antes de decidir el método de análisis que se va aplicar.

Ya en posesión de una muestra planctónica, el biólogo debe proceder a su estudio, que es la parte más laboriosa reservada a los especialistas no solamente del plancton en general, sino de ciertos grupos en particular. La determinación de las especies se lleva a cabo por medio de la lupa o de los diferentes tipos de microscopios.

Si una pesca de plancton suficiente exige unos minutos, su estudio microscópico requiere mucho más tiempo de los diferentes especialistas. En estas condiciones, no hay por qué extrañarse si los resultados tardan varios años en ser publicados después de la colecta de las muestras. Para facilitar a los investigadores el análisis de los diferentes grupos que forman el plancton, algunos países han creado los llamados Centros de Preclasificación Oceanográfica, en donde además de registrar los datos, número de estaciones, fecha, hora, tipo de redes, profundidad de colecta, volumen de agua filtrada, también se separa por grupos a los ejemplares, para ser enviados a los especialistas.

El análisis de las muestras de plancton se puede orientar para distinguir a los individuos que lo forman o para determinar las proporciones relativas de los diferentes organismos.

Para conocer a las especies se estudia la muestra revisándola por partes que se colocan en cajas de petri y se observan al microscopio, se hacen esquemas de los organismos o se toman fotografías y se identifican consultando las claves.

Para determinar las proporciones existentes en la muestra se cuentan los organismos contenidos en ella, pero como el recuento de toda la muestra generalmente es muy difícil porque contiene cientos de miles de individuos, éste se fracciona utilizando el aparato de Folsom, en el cual se coloca la muestra diluida hasta un volumen conocido y se agita para que los organismos se distribuyan uniformemente, se gira el aparato y la muestra queda dividida en dos mitades iguales, el proceso se repite hasta tener la cantidad deseada.