Ambos frascos se vuelven a colocar en el mismo lugar donde fue tomada la muestra para tratar de medir el fenómeno en condiciones parecidas de temperatura y de luz, por un periodo de incubación de 6 a 24 horas. Después del tiempo de exposición, se sacan las botellas y se vuelve a determinar, en cada una de ellas, la cantidad de oxígeno.

Comparando la cifra inicial de la botella transparente con la nueva cifra registrada se obtiene la cantidad de oxígeno producido durante la fotosíntesis, lo que indica la productividad de estos vegetales. La botella oscura sirve como testigo: los cambios que se presentan son mínimos e indican el consumo de oxígeno por respiración y por acción de las bacterias.

El método de carbono 14 se basa en medir la actividad fotosintética de acuerdo con la cantidad de carbono fijado durante el proceso. Este método es semejante al anterior, con la diferencia de que se mide el carbono existente en la muestra y se le añade una pequeña porción de carbono 14 radiactivo. Después del periodo de incubación se mide el gasto del carbono con un contador Geiger, el cual indica la productividad.

Estos métodos son más fáciles de aplicar en aguas continentales que en el mar abierto, debido a la dinámica ocasionada por el oleaje, las corrientes, etcétera. El estudio del plancton se ha ido modificando constantemente gracias al avance en la tecnología científica que ha permitido establecer nuevos medios. No sólo es importante para la investigación básica en ciencias del mar, sino que tiene gran trascendencia para la investigación aplicada como la que se realiza para las pesquerías; por ejemplo, para calcular una población pescable se estudian los huevos y larvas de las especies presentes en el plancton.