Inmediatamente por debajo de esta zona, o sea de 50 a 200 metros aproximadamente, se localiza la zona mesopelágica, en la que aún se pueden encontrar vegetales; pero como la luz del Sol penetra en menor proporción, su balance de asimilación es evidentemente menor. Estos vegetales no viven mucho tiempo en la zona mesopelágica porque morirían, y tienen que aprovechar alguna corriente ascendente de las aguas para pasar a la zona epipelágica y recuperar su nutrición y su reproducción.

A una profundidad mayor de los 200 metros y llegando hasta los 600, se localiza una zona llamada infrapelágica, particularmente rica en especies animales. En esta zona, como la luz ya casi no penetra, las especies vegetales no se encuentran y los animales pueden ser de dos tipos: las especies que habitan permanentemente en ella, y las que se consideran intrusas, que sólo viven ahí de manera temporal; algunas de estas especies descienden a la zona infrapelágica durante el día, huyendo de la iluminación que reina en las zonas epi y mesopelágicas; otras ascienden por la noche desde la capa inmediatamente inferior, sin duda en busca de alimento.

De los 600 a los 2.500 metros se extiende la zona batipelágica, que aún está poblada por animales planctónicos, principalmente del grupo de los crustáceos llamados copépodos, pero con especies distintas a las que habitan en las zonas superiores, formando, por lo tanto, faunas características de copépodos para esta zona. También se pueden encontrar los juveniles de organismos que en su estado adulto viven en otras de las zonas como, por ejemplo, sifonóforos, crustáceos, peces, etcétera.

Por debajo de los 2.500 metros y llegando hasta los 6.500 o a mayores profundidades, se extiende la zona hadopelágica, que corresponde a las aguas que ocupan grandes fosas. En ellas la fauna es muy pobre cualitativamente, ya que contiene pocas especies, principalmente de crustáceos del tipo de los ostrácodos, pequeños parientes del camarón que encierran su cuerpo en dos valvas.